Sebagai kawal depan Mahkamah Agung RI, Pengadilan Tinggi Agama Ambon mempunyai  tugas dan kewenangan dibidang Teknis Yudisial dan Non Yudisial:

Pengadilan Tinggi Agama bertugas dan berwenang mengadili perkara yang menjadi kewenangan Pengadilan Agama dalam tingkat banding. Sebagaimana telah diatur dalam Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 jo. Undang-Undang Nomor 3 tahun 2006, tentang Perubahan atas Undang-Undang Nomor 7 tahun 1989 tentang Peradilan Agama yakni menyangkut perkara-perkara:

1. Perkawinan;
2. Waris;
3. Wasiat;
4. Hibah;
5. Wakaf;
6. Zakat;
7. Infaq;
8. Shadaqah; dan
9. Ekonomi Syari’ah.

Di samping itu, Pengadilan TInggi Agama juga bertugas dan berwenang mengadili di tingkat pertama dan terakhir sengketa kewenangan mengadili antar Pengadilan Agama di daerah hukumnya.

Fungsi:
Untuk melaksanakan tugas pokok tersebut, Pengadilan Tinggi Agama mempunyai fungsi sebagai berikut :

• Memberikan pelayanan teknis yustisial bagi perkara banding.
• Memberikan pelayanan di bidang administrasi perkara banding dan administrasi peradilan lainnya.
• Memberikan keterangan, pertimbangan dan nasehat tentang Hukum Islam pada instansi pemerintah di daerah hukumnya, apabila diminta sebagaimana diatur dalam pasal 52 Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2006 tentang perubahan atas Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama.
• Mengadakan pengawasan atas pelaksanaan tugas dan perilaku Hakim, Panitera, Sekretaris dan Jurusita di daerah hukumnya.
• Mengadakan pengawasan terhadap jalannya peradilan di tingkat Pengadilan Agama dan menjaga agar peradilan diselenggarakan dengan seksama dan sewajarnya.
• Memberikan pelayanan administrasi umum kepada semua unsur di lingkungan Pengadilan Tinggi Agama dan Penagdilan Agama.
• Melaksanakan tugas-tugas pelayanan lainnya seperti hisab rukyat dan sebagainya.